खड़ाडाह में, कभी-कभी लोग नित्यानंद प्रभु को शाक्त-सम्प्रदाय से संबंधित समझते थे, जिसका दर्शन है अंतः शक्तः बहिः शैवः सभायां वैष्णव मतः। शाक्त-सम्प्रदाय के अनुसार, कौलावधूत नामक व्यक्ति भौतिक रूप से सोचता है जबकि बाह्य रूप से भगवान शिव का एक महान भक्त प्रतीत होता है। जब ऐसा व्यक्ति वैष्णवों की सभा में होता है, तो वह एक वैष्णव की तरह दिखाई देता है। वास्तव में नित्यानंद प्रभु ऐसे समुदाय से संबंधित नहीं थे। नित्यानंद प्रभु हमेशा वैदिक संन्यास के ब्रह्मचारी थे। वास्तव में वह एक परमहंस थे। कभी-कभी उन्हें लक्ष्मीपति तीर्थ का शिष्य माना जाता है। यदि उन्हें ऐसा स्वीकार किया जाता है, तो नित्यानंद प्रभु माध्व-सम्प्रदाय से संबंधित थे। वह बंगाल के तांत्रिक-सम्प्रदाय से संबंधित नहीं थे।